Characterisation of footpad lesions in organic and conventional broilers
A.B. Riber, L. Rangstrup-Christensen, M.S. Hansen, L.K. Hinrichsen and M.S. Herskin
Animal 

Supplementary Material S1

# Test of overall difference between scoring systems
table(Score[Skala==1], Produktionsform1[Skala==1])
chisq.test(Score[Skala==1], Produktionsform1[Skala==1])
prop.test(c(756, 478), c(2984, 3578))
prop.test(c(314,410), c(2984, 3578))
prop.test(c(341,1019), c(2984, 3578))
prop.test(c(444,1012), c(2984, 3578))
prop.test(c(1129, 659), c(2984, 3578))

table(Score[Skala==2], Produktionsform1[Skala==2])
chisq.test(Score[Skala==2], Produktionsform1[Skala==2])
prop.test(c(777 , 498), c(2984, 3578))
prop.test(c(725, 1426), c(2984, 3578))
prop.test(c(1482, 1654), c(2984, 3578))

# sommer
table(Score[season==1 & Skala==1], Produktionsform1[season==1 & Skala==1])
chisq.test(Score[season==1 & Skala==1], Produktionsform1[season==1 & Skala==1])
prop.test(c(236 ,290), c(787, 1481))
prop.test(c(74 ,251), c(787, 1481)) 
prop.test(c(84 ,355), c(787, 1481))
prop.test(c(115 ,357), c(787, 1481))
prop.test(c(278 ,228), c(787, 1481))


table(Score[season==1 & Skala==2], Produktionsform1[season==1 & Skala==2])
chisq.test(Score[season==1 & Skala==2], Produktionsform1[season==1 & Skala==2])
prop.test(c(249 ,304), c(787, 1481))
prop.test(c(179, 621), c(787, 1481))
prop.test(c(359, 556), c(787, 1481))

# vinter
table(Score[season==2 & Skala==1], Produktionsform1[season==2 & Skala==1])
chisq.test(Score[season==2 & Skala==1], Produktionsform1[season==2 & Skala==1])
prop.test(c(520 , 188), c(2197, 2097))
prop.test(c(240 , 159), c(2197, 2097))
prop.test(c(257 , 664), c(2197, 2097))
prop.test(c(329 , 655), c(2197, 2097))
prop.test(c(851 , 431), c(2197, 2097))


table(Score[season==2 & Skala==2], Produktionsform1[season==2 & Skala==2])
chisq.test(Score[season==2 & Skala==2], Produktionsform1[season==2 & Skala==2])
prop.test(c(528 ,194), c(2197, 2097))
prop.test(c(546, 805), c(2197, 2097))
prop.test(c(1123, 1098), c(2197, 2097))

# toes 
table(Score[Skala==1], toe[Skala==1])
table(Score[Skala==2], toe[Skala==2])
table(Score[Skala==2 & Produktionsform1=="organic"], toe[Skala==2& Produktionsform1=="organic"])
table(Score[Skala==1 & Produktionsform1=="konv"], toe[Skala==1 & Produktionsform1=="konv"])
table(Score[Skala==1 & Produktionsform1=="organic"], toe[Skala==1 & Produktionsform1=="organic"])
table(Score[Skala==2 & Produktionsform1=="konv"], toe[Skala==2 & Produktionsform1=="konv"])

```

## Interobserver analyse

```{r interobserver, include=TRUE}

##########################################
##########################################
# interobserver data

library(xlsx)


RIORdatafilename<-paste(DataDirectory,"DataIOR.RData",sep='')
load(file=RIORdatafilename)

str(DataIOR)
attach(DataIOR)
library(irr)

kappa2(cbind(ScoreO1NY, ScoreO2NY))
kappa2(cbind(ScoreO1GL, ScoreO2GL))

kappa2(cbind(ScoreO1NY, ScoreO2NY), "equal")
kappa2(cbind(ScoreO1GL, ScoreO2GL), "equal")

detach(DataIOR)


```
## Intraobserver analyse

```{r intraobserver, include=TRUE}


##################################################
##################################################
# intraobserver 

library(xlsx)


RIntraAdatafilename<-paste(DataDirectory,"DataIntraA.RData",sep='')
load(file=RIntraAdatafilename)

RIntraMdatafilename<-paste(DataDirectory,"DataIntraM.RData",sep='')
load(file=RIntraMdatafilename)

str(DataIntraA)
str(DataIntraM)

library(irr)

kappa2(cbind(DataIntraA$Score1[DataIntraA$Skala==1], DataIntraA$Score2[DataIntraA$Skala==1]))
kappa2(cbind(DataIntraA$Score1[DataIntraA$Skala==1], DataIntraA$Score2[DataIntraA$Skala==1]), "equal")

kappa2(cbind(DataIntraA$Score1[DataIntraA$Skala==2], DataIntraA$Score2[DataIntraA$Skala==2]))
kappa2(cbind(DataIntraA$Score1[DataIntraA$Skala==2], DataIntraA$Score2[DataIntraA$Skala==2]), "equal")

kappa2(cbind(DataIntraM$Score1[DataIntraM$Skala==1], DataIntraM$Score2[DataIntraM$Skala==1]))
kappa2(cbind(DataIntraM$Score1[DataIntraM$Skala==1], DataIntraM$Score2[DataIntraM$Skala==1]), "equal")

kappa2(cbind(DataIntraM$Score1[DataIntraM$Skala==2], DataIntraM$Score2[DataIntraM$Skala==2]))
kappa2(cbind(DataIntraM$Score1[DataIntraM$Skala==2], DataIntraM$Score2[DataIntraM$Skala==2]), "equal")

```